|
|
Analýza lokálních struktur DNA
Kratochvíl, Jaromír ; Trenz, Oldřich (oponent) ; Šťastný, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na popis a realizaci uživatelského rozhraní jako webové aplikace ve frameworku Vue.js pro analýzu lokálních struktur DNA. Lokální struktura se dá popsat jako alternativní struktura DNA, která vzniká ve specifické sekvenci DNA, která se vyskytuje v důležitých oblastech genomu. První část práce se skládá z teoretické části, která prozkoumává oblast výzkumu DNA a popisuje zvolené technologie. Druhá část práce se zabývá realizací a testováním uživatelského rozhraní na konkrétních sekvencích DNA.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Remiáš, Richard ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
|
|
|
Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor
Jaroš, Marta ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá zobrazovacími technikami sekundárních struktur DNA. Shrnuje a rozebírá některé současné metody vizualizace. Objasňuje problém a jeho význam z hlediska molekulární biologie. Cílem práce je návrh obecného algoritmu pro vizualizaci sekundárních struktur DNA, konkrétně palindromických a triplexových struktur a jeho implementace do prostředí R/Bioconductor. Zaměřuje se zejména na oblast 2D grafického zobrazování zmíněných sekundárních struktur DNA. Výsledkem práce je vytvořená 2D grafická podpora pro softwarové balíčky určené pro prostředí R/Bioconductor, které zabezpečují vyhledávání charakteristických sekvencí palindromů a triplexů v sekvencích DNA.
|
|
|
?Implementace algoritmu pro nalezení palindromu v DNA nukleotidových sekvencích
Diviš, Jan
Tato bakalářská práce se věnuje refaktorizaci kódu nástroje Palindrome Analyser, jehož algoritmy a datové struktury jsou zastaralé a vyžadují aktualizaci. Cílem této práce je zvýšení efektivity, spolehlivosti a rozšířitelnosti nástroje prostřednictvím užití nových řešení a frameworků, stejně jako modernizace a doplnění chybějících testů za účelem získání správné funkcionality celého nástroje.
|
|
|
Optimalizace algoritmu pro zjištění uspořádání nukleotidů v DNA
Studýnka, Petr
Bakalářská práce se zabývá přepsáním staré verze algoritmu do nové a vizualizací nástroje Palindrom Analyser, který je součástí aplikace DNA analyser. Tento nástroj je momentálně ve funkčním stavu, avšak jeho zdrojový kód je zastaralý, nejsou otestovány všechny jeho části, použité algoritmy nejsou optimalizované a backend aplikace je úzce vázaný na frontend aplikace.
|
|
|
Analýza lokálních struktur DNA
Kratochvíl, Jaromír ; Trenz, Oldřich (oponent) ; Šťastný, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na popis a realizaci uživatelského rozhraní jako webové aplikace ve frameworku Vue.js pro analýzu lokálních struktur DNA. Lokální struktura se dá popsat jako alternativní struktura DNA, která vzniká ve specifické sekvenci DNA, která se vyskytuje v důležitých oblastech genomu. První část práce se skládá z teoretické části, která prozkoumává oblast výzkumu DNA a popisuje zvolené technologie. Druhá část práce se zabývá realizací a testováním uživatelského rozhraní na konkrétních sekvencích DNA.
|
|
|
Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor
Jaroš, Marta ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá zobrazovacími technikami sekundárních struktur DNA. Shrnuje a rozebírá některé současné metody vizualizace. Objasňuje problém a jeho význam z hlediska molekulární biologie. Cílem práce je návrh obecného algoritmu pro vizualizaci sekundárních struktur DNA, konkrétně palindromických a triplexových struktur a jeho implementace do prostředí R/Bioconductor. Zaměřuje se zejména na oblast 2D grafického zobrazování zmíněných sekundárních struktur DNA. Výsledkem práce je vytvořená 2D grafická podpora pro softwarové balíčky určené pro prostředí R/Bioconductor, které zabezpečují vyhledávání charakteristických sekvencí palindromů a triplexů v sekvencích DNA.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Remiáš, Richard ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
|
host ::
RSS.